La electroforesis es una de las herramientas más utilizadas en biología molecular. Se utiliza para separar ácidos nucleicos. La electroporación es el proceso mediante el cual se separa el ácido nucleico en función del tamaño. En electroforesis, se usa un gel. Los pocillos se hacen en el gel en el que se cargan las muestras de ácido nucleico. Se pasa corriente eléctrica y se basa en el tamaño del ácido nucleico que se mueve en el gel. Ayuda a cuantificar, separar y purificar el ácido nucleico.
Agarosa vs poliacrilamida
La diferencia entre agarosa y poliacrilamida es que la agarosa se usa para separar grandes fragmentos de ADN, pero el gel de poliacrilamida se usa para separar fragmentos más cortos de proteína y ácido nucleico. La agarosa se vierte horizontalmente, mientras que la poliacrilamida se vierte verticalmente. La agarosa se puede calentar y verter horizontalmente, pero se rompe fácilmente, por lo que debe manipularse con cuidado.
El gel de agarosa se usa con mayor frecuencia para realizar electroforesis. Dado que ayuda a separar el ácido nucleico en función del tamaño, se utiliza para identificar la muestra desconocida de ADN o ARN. Aquí, se usa una escalera de tamaño conocido y la banda de nucleico desconocido se compara con la escalera y se identifica el tamaño.
La electroforesis en gel de poliacrilamida se llama PAGE. Se usa comúnmente para separar proteínas en función de su tamaño. Esta electroforesis funciona según el principio de que la proteína cargada o la muestra de ácido nucleico migra a través del gel cuando se proporciona un campo eléctrico. Dado que la movilidad de una molécula biológica cambia según el tamaño y la carga. La muestra utilizada debe ser tratada para alcanzar una carga uniforme de modo que la movilidad dependa básicamente del tamaño.
Tabla de comparación entre agarosa y poliacrilamida
| Parámetros de comparación | Agarosa | Poliacrilamida |
| Toxicidad | No tóxico | Ligeramente tóxico |
| Tamaño de poro | Poros más grandes | Poros más pequeños |
| Usos | El gel de agarosa se usa principalmente para separar ADN y ARN | El gel de poliacrilamida se utiliza para separar proteínas y cuantificarlas. |
| Posición de vertido de gel | Posicion horizontal | Posición vertical |
| Teñir | Bromuro de etidio | Azul de bromofenol |
| Reutilizando | La agarosa se puede derretir y reutilizar. | Normalmente no se reutiliza |
¿Qué es la agarosa?
La agarosa es una biomolécula que se utiliza para crear un gel que es una matriz tridimensional con poros y canales. La matriz tridimensional se mantiene unida por enlaces de hidrógeno. Dado que existen enlaces de hidrógeno, la estructura de la matriz se puede desnaturalizar fácilmente mediante calentamiento. Las biomoléculas de la muestra se mueven a través de los poros.
La temperatura de fusión del agar es de 85 a 95 grados Celsius y la temperatura de gelificación es de 35 a 42 grados Celsius. El gel de agarosa se prepara mezclando agarosa con agua y derritiéndola. Luego se vierte horizontalmente sobre un molde en el que se coloca un peine. Luego, la agarosa se enfría y forma un gel. El peine deja un pozo en el que se puede cargar la muestra.
El gel de agarosa de baja concentración es propenso a romperse. Por lo tanto, debe manejarse con cuidado. La agarosa se puede utilizar para separar el ADN y el ARN. Los poros del gel de agarosa son mucho más grandes para que entre un bacteriófago. La agarosa es un polímero con grupos piruvato y sulfato. Dado que estos grupos están cargados negativamente, provoca el flujo de agua en dirección opuesta a la del movimiento del ADN.
El tinte de bromuro de etidio se utiliza para teñir el ADN que cambia el tamaño y la carga de la muestra. Se vierte una solución tampón en la instalación y se pasa corriente, lo que hace que la muestra se mueva a través del gel de agarosa y forme bandas.
¿Qué es la poliacrilamida?
La poliacrilamida es un polímero lineal sintético compuesto por acrilamida y ácido acrílico. La poliacrilamida absorbe el agua de forma activa y forma un gel suave. Es uno de los geles utilizados en electroforesis. La proteína y el ácido nucleico se pueden cuantificar en gel de poliacrilamida basándose en su movilidad electroforética.
El gel de poliacrilamida elaborado mediante hidratación de acrilamida es bueno ya que el tamaño de los poros se puede regular en función de la hidratación. El gel con un tamaño de poro pequeño es eficaz para examinar moléculas de menor tamaño. Las moléculas más grandes no pueden moverse a través de los poros pequeños y quedar atrapadas, mientras que las moléculas más pequeñas se mueven fácilmente a través de los poros y forman bandas.
El gel de poliacrilamida se utiliza principalmente en el experimento SDS PAGE. SDS PAGE se expande como electroforesis en gel de poliacrilamida y dodecilsulfato de sodio. Se utiliza para separar muestras de proteínas en función de su tamaño. El dodecilsulfato de sodio es un detergente y se une a la molécula de proteína. Al unirse a la proteína, este detergente destruye la estructura secundaria y terciaria de la proteína y la convierte en una cadena polipeptídica lineal. Este polipéptido lineal está cargado negativamente y viaja hacia el ánodo cuando se somete a un campo eléctrico. Aquí la distancia recorrida por la molécula es inversamente proporcional al logaritmo del peso molecular. También se utiliza para examinar muestras de ácido nucleico con bajo peso molecular.
Principales diferencias entre agarosa y poliacrilamida
Conclusión
La agarosa y la poliacrilamida son dos polímeros diferentes. Son químicamente diferentes. Aunque ambos se utilizan para electroforesis, se utilizan para dos propósitos diferentes. La agarosa tiene poros más grandes y se utiliza para separar moléculas de ácido nucleico más grandes como el ADN y el ARN. La poliacrilamida, por otro lado, tiene poros más pequeños y se usa para separar y cuantificar proteínas con menor peso molecular.
Ambos compuestos tienen diferentes propósitos y son muy útiles en biología molecular. Además de la biología molecular, también se utilizan en muchos otros campos. Dado que estos geles ayudan a cuantificar el ácido nucleico y las proteínas, tienen aplicaciones en la medicina y la ciencia forense.
